O ICM     CENTRUM  OBLICZENIOWE     DZIAŁALNOŚĆ  NAUKOWA     WYDARZENIA     EDUKACJA     ARCHIWUM     
Rozwijanie symulacyjnych metod kwantowej i kwantowo-klasycznej dynamiki molekularnej....
ICM Działalność naukowa Projekty
   STRONA GŁÓWNA   |   NAPISZ DO NAS LIST   |   MAPA SERWISU   |


ROZWIJANIE SYMULACYJNYCH METOD KWANTOWEJ I KWANTOWO-KLASYCZNEJ DYNAMIKI MOLEKULARNEJ ORAZ ZASTOSOWANIA W BADANIACH UKŁADÓW ATOMOWYCH I BIOMOLEKULARNYCH



Projekt badawczy KBN

Okres realizacji projektu: 30 miesięcy
Termin rozpoczęcia:   1 października 2003
Termin zakończenia:  30 czerwca 2006


Kierownik projektu: dr hab. Piotr Bała
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski
Wydział Matematyki i Informatyki, Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Toruń


Główni wykonawcy:

prof. dr hab. Bogdan Lesyng

Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski
Wydział Fizyki,Uniwersytet Warszawski

dr Paweł Grochowski
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski

Przedmiotem projektu jest rozbudowanie i/lub udoskonalenie wybranych mikroskopowych metod kwantowo-klasycznej dynamiki molekularnej, ich implementacja w formie efektywnych algorytmów obliczeń równoległych i rozproszonych na klastrach obliczeniowych i w środowisku gridowym, oraz zastosowanie do symulacji wybranych podstawowych ukladow atomowych i biomolekularnych.

W szczególności planuje się następujące zastosowania:


Dla osiągnięcia w/w celów planuje się rozwijać i stosować następujące metody teoretyczne:
W zakresie implementacji metod planowane jest:
Proponowana tematyka poza istotnym znaczeniem dla zrozumienia podstawowych procesów fizycznych i biologicznych, m.in. roli i fizycznych mechanizmów procesów fosforylacji, jest rownież ważna z punktu widzenia praktycznych zastosowań w dziedzinie medycyny molekularnej i projektowania leków. Rozwinięte i stosowane w tym projekcie metody będą mogły łatwo znaleźć zastosowania rownież w innych dziedzinach nauki, np. badaniach materiałowych i symulacjach w obszarze nanotechnologii.

Zakładamy, że zastosowanie nowych, hierarchicznych algorytmów komunikacji pozwoli na uzyskanie lepszej niż dotąd paralelizacji aplikacji. W wyniku przeprowadzonych prac przewiduje się stworzenie i praktyczną weryfikację algorytmów poprzez zrównoleglenie istniejących aplikacji wykorzystywanych w badaniach naukowych. W szczególności algorytmy zrównoleglania dynamiki molekularnej zostaną zastosowane do programu GROMOS96 oraz programu dynamiki kwantowej. Napisane oprogramowanie i uruchomione serwisy będa dostępne dla innych grup badawczych na serwerze bioinformatycznym ICM UW.