Views

Biuletyn nr 13

From KDMwiki

Jump to: navigation, search
Biuletyn KDM
1 | 2 | 3 | 4 | 5
6 | 7 | 8 | 9 | 10
11 | 12 | 13 | 14
15 | 16 | 17 | 18
19 | 20 | 21 | 22
23 | 24 | 25 | 26
27 | 28 | 29 | 30
31 | 32
Lista biuletynów

Biuletyn nr 13 (4 lipca 2006)

Spis treści

Odświeżone strony WWW

Autor: Maciek Szpindler

W trosce o aktualność i czytelność informacji zawartych w internecie, dział KDM przygotował odświeżoną wersję swoich stron WWW. Na pierwszy rzut oka dla kogoś, kto wcześniej odwiedzał nasze strony, nie widać może rewolucji, ale jest wiele zmian. Pozostawiony został podobny wygląd, ale zasadniczo przebudowana została treść naszego WWW.

Nowa struktura stron WWW

Dawna struktura stron.
Dawna struktura stron.

Główna struktura stron nie została zasadniczo zmieniona, pozostały działy:

  • Aktualności - informacje o bierzących wydarzeniach związanych z Centrum Komputerów Dużej Mocy w ICM,
  • Komputery - opisy maszych obliczeniowych dostępnych dla użytkowników KDM,
  • Oprogramowanie - opisy i instrukcje obsługi oprogramowania naukowego udostępnianego przez ICM,
  • Poradnik - porady dla użytkowników KDM,
  • Granty - informacje dotyczące grantów obliczeniowych w ICM,
  • Szkolenia - informacje o szkoleniach organizowanych w ICM,
  • Modelowanie - obszerne informacje na temat modelowania komputerowego, zawiera teraz także dział numeryczny,
  • Biuletyn - biuletyny KDM,
  • Poradnik - poradnik dla użytkowników maszyn obliczeniowych ICM,
  • Nazapki (FAQ) - najczęściej zadawane pytania,
  • Kontakty - różne kontakty.

Jednocześnie dostęp (adresy URL) do tych stron pozostał niezmieniony. Można się jednak przekonać, że zawartość większości z nich została gruntownie odświeżona. Polecamy zwłaszcza zapoznać się z nową zawartością części poświęconych komputerom, oprogramowaniu, szkoleniom, modelowaniu, poradom i oczywiście biuletynom KDM.


Zostały również dodane działy:

  • O nas - informacje o Centrum KDM i jego pracownikach,
  • Linki - różne ciekawe odnośniki.

Zmiany

Istotne zmiany dotyczą wszystkich dotychczasowych podstron głównych działów. Ich struktura została całkowicie zmieniona, "wypłaszczona" tzn. nie mają one już drzewiastej struktury plików. Dotychczasowe adresy tych podstron nie zachowują aktualności, prosimy o ewentualne uaktualnienie swoich bookmarków (ulubionych). Mamy świadomość, że jest to pewna niewygoda. Mamy jednak nadzieje że wynagrodzi ją zamierzana stała aktualizacja wszystkich informacji oraz łatwiejszy dostęp do wszystkich stron. Adresy wszystkich stron KDM mają teraz adres http://www.icm.edu.pl/kdm/Artykul.

Nowa struktura stron.
Nowa struktura stron.

Każda ze stron posiada teraz dynamiczne menu z odnośnikami do innych stron tematycznie z nią związanych. Ułatwia to poruszanie się po stronach i odnalezienie interesującej nas informacji. Niektóre menu zawierają także wyciąg najważniejszych informacji technicznych dotyczących danego artykułu (przykładowo komputera lub oprogramownia).

Ten model stron WWW jest związany z wybranymi przez nas rozwiązaniami technicznymi.

Technikalia

Opisywanym zmianom towarzyszy wykorzystanie do tworzenia naszych stron oprogramowania MediaWiki, stworzonego i wykorzystywanego przez Wikipedię. Może nie jest to widoczne na pierwszy rzut oka, ale ten sam mechanizm wykorzystują bliźniacze centra KDM WCSS we Wrocławiu i TASK w Gdańsku.

Zaletą wykorzystania tego typu oprogramowania jest możliwość zdalnego edytowania, w łatwy sposób, wszystkich stron przez wiele osób jednocześnie. Mamy nadzieje, że pomoże to zachować jak najdłużej aktualność, fachowość i precyzję wszystkich udostepniach przez nas informacji.


Zapraszamy do czytania!

Nowa macierz

Autorzy: Mirosław Nazaruk i Łukasz Bolikowski

W ostatnich tygodniach w ICM został oddany do użytku nowy system pamięci masowej, na który składają się trzy macierze Network Appliance FAS3050 z dyskami SATA i FC. Całość ma pojemność ok. 200TB (to wartość "brutto" - efektywna pojemność jest dużo mniejsza).

Macierze te są nowoczesnymi urządzeniami, zapewniającymi duże bezpieczeństwo przechowywanych na nich danych, m.in. poprzez zastosowanie technologii RAID-6 (podwójna parzystość) oraz redundancję wszystkich ważniejszych podzespołow. Macierze połączone są ze sobą oraz z niektórymi serwerami przy użyciu switchy Fiber Channel firmy Brocade SilkWorm 200E.

Macierze potrafią udostępniać dane w technologiach NAS (dane udostępniane są przez macierz po NFSie) i SAN (macierze udostępniają surowe fragmenty przestrzeni dyskowej do serwerów po Fiber Channel). Przez co nadają się one do wielu zastosowań, tj. mogą być serwerami plików jak również zewnętrzną przestrzenią dyskową dla serwerów.

Zalety dla użytkowników

Z perspektywy użytkowników wdrożenie macierzy zauważalne będzie w kilku miejscach.

Przede wszystkim, na macierz przeniesione zostaną systemy plików /home/staff, /home/users i /home/guests. Dzięki temu możliwe będzie zwiększenie limitów miejsca na dysku (tzw. quota). Przeniesienie katalogów domowych wszystkich użytkowników i rekonfiguracja wszystkich komputerów w sieci ICM jest dość złożoną operacją, dlatego zostanie ona wykonana dopiero przy okazji dużych prac konserwacyjnych.

Katalogi domowe na klastrze halo zostały przeniesione na nowe macierze na początku czerwca.

Po drugie, na części maszyn (m.in. burza, rekin, halo, tornado, tajfun) dostępny jest już współdzielony system plików /workspace o pojemności 2 TB. Miejsce to może być używane do przenoszenia dużych danych pomiędzy maszynami oraz do przechowywania wyników swoich obliczeń. Katalog ten nie jest automatycznie czyszczony, jednakże nadal należy dbać o to, aby nie trzymać tam niepotrzebnych już plików. W celu otrzymania własnego podkatalogu /workspace/username, proszę zgłaszać się do administratorów.

Macierze docelowo zastąpią wysłużonego robota taśmowego.

Inne zastosowania

Macierz wykorzystywana jest też do wielu zadań niewidocznych bezpośrednio dla użytkowników. Są to między innymi:

  • przechowywanie dużych baz danych (m.in. Biblioteka Wirtualna Nauki, bazy bioinformatyczne)
  • archiwizacja wyników modeli atmosferycznych liczonych w ICM
  • archiwum filmów ATVN
  • tworzenie kopii bezpieczeństwa systemów w ICM
  • tworzenie kopii bezpieczeństwa katalogów domowych użytkowników

Dalsze informacje

Szczegółowe informacje znajdują się na stronie poświęconej archiwizacji.

Wrażenia z Juelich

Autor: uczestnicy wyjazdu

W dniach 6-9 czerwca 2006 silna ekipa z ICM i Wydziału Fizyki (Magalena Gruziel, Franciszek Rakowski, Łukasz Walewski, Sławomir Walkowiak oraz Piotr Kmieć) byli uczestnikami workshopu "From Computational Biophysics to System Biology" zorganizowanego przez Forschungszentrum Julich.

W ciagu czterech dni wysłuchalismy wielu interesujacych wykładow z zakresu biologii molekularnej oraz coraz bardziej popularnych systemów molekularnych. Szczególnie wartościowa była możliwość osobistej dyskusji z takimi autorytetami w środowisku jak Prof. Harold Scheraga z Cornell University. Magda reprezentowała naszą grupę wygłaszając referat na temat "From microscopic Monte-Carlo simulations to macroscopic solvation models". Wyniki naszej pracy naukowej przedstawiliśmy równolegle na trzech posterach. Na pierwszym Franek zaprezentował plakat zatytułowany "Symplectic Algorithms of Molecular Dynamics. An Application for the United-Residue Model", na kolejnym Sławek zaprezentował plakat "Parametrized procedure for consensus sequences - validation of the method" natomiast ostatni, zatytulowany "Generalized Born and Nonpolar Models in Solvation Free Energies" był przedstawiony przez Piotrka.

Równolegle z naukową częścią workshopu, wieczorami odbywaly sie nieformalne spotkania i dyskusje na tematy nie tylko naukowe. Szczególnie mile wspominamy wycieczkę po AACHEN (pierwotna nazwa Aquisgranum), które uważane jest za pierwszą miejscowość uzdrowiskową z ciepłymi źródłami siarkowymi (do 74°C). Ogromne wrażenie zrobiła na nas rownież przepiękna Katedra, w której do 1531 roku koronowalo się 31 królów niemieckich.

Na zakonczenie konferencji organizatorzy zaprosili wszystkich do wspólnego ogladania meczu otwarcia Mistrzostw Swiata w Piłce Nożnej pomiedzy Niemcami a Kostaryka (4:2).

Wyjazd odbył sie dzięki projektowi CoE MAMBA.